Het FWOS draagt bij aan de verwerving en verspreiding van wetenschappelijke kennis over seksuele beleving en gedrag, seksuele en gender identiteit, en seksuele vorming en opvoedingsondersteuning ten bate van jongeren en jongvolwassenen tot 25 jaar. Het FWOS acht het daarbij noodzakelijk dat aandacht wordt geschonken aan diversiteit in de breedste zin van het woord. Het FWOS ziet het als zijn missie wetenschappelijk onderzoek vanuit een interdisciplinair perspectief te bevorderen. De resultaten van onderzoek staan ten dienste van theorievorming én praktisch handelen van professionals en ouders/verzorgers. Het FWOS subsidieert onderzoek binnen verschillende disciplines en wil door verspreiding van onderzoeksresultaten een bijdrage leveren aan maatschappelijke discussies over thema’s zoals seksualiteit, gender, seksuele zelfbeschikking, weerbaarheid en vorming van jongeren en jongvolwassenen. Het moedigt de ontvangers van subsidies aan deel te nemen aan het maatschappelijk debat.